Computational tools for the annotation of in-source fragments and matrix-related signals in MALDI Mass Spectrometry Imaging

L´espectrometria de masses d´imatge MALDI (MALDI-MSI) és una tècnica analítica utilitzada en estudis bioquímics i clínics per revelar la composició química i la informació espacial de teixits orgànics. Els fragments generats dins de la font MALDI i els senyals relacionats amb la matriu abarroten els...

Full description

Author: Baquer Gómez, Gerard
Format: Doctoral thesis
Status:Published version
Publication date:2023
Country:España
Institution:CBUC, CESCA
Repository:TDR. Tesis Doctorales en Red
OAI Identifier:oai:www.tdx.cat:10803/687520
Online Access:http://hdl.handle.net/10803/687520
Access Level:Open access
Keyword:Mass Spectrometry Imagin
Annotation
Software
Enginyeria i arquitectura
004
311
543
547
Summary:L´espectrometria de masses d´imatge MALDI (MALDI-MSI) és una tècnica analítica utilitzada en estudis bioquímics i clínics per revelar la composició química i la informació espacial de teixits orgànics. Els fragments generats dins de la font MALDI i els senyals relacionats amb la matriu abarroten els espectres, cosa que fa que la identificació de cada massa a càrrega (m/z) sigui un desafiament. En aquesta tesi, desenvolupem dues eines computacionals (rMSIfragment i rMSIcleanup) per a l'anotació controlada per FDR de fragments a la font i senyals relacionats amb la matriu. També presentem un protocol computacional i experimental complet basat en una matriu MALDI marcada amb isòtops estables per descobrir senyals relacionats amb la matriu. Demostrem l'alt rendiment de les nostres eines i protocols en múltiples tipus de mostres, matrius MALDI i analitzadors MS. També trobem que l'eliminació d'aquests senyals permet que les tècniques de reducció de dimensionalitat se centrin millor en les característiques espacials biològicament rellevants i millorin l'anotació de metabòlits. En conjunt, aquests resultats indiquen que l'anotació de fragments a la font i els senyals relacionats amb la matriu s'han d'incloure en estudis rigorosos de metabolòmica no dirigits utilitzant MSI.

Similar Items